Study Data Tabulation Model (SDTM) Automation with SAS

Automatisation SDTM-DM/SUPPDM via approche pilotée par métadonnées (SAS OnDemand), par Ousmane Diallo.
Author

Ousmane Diallo

SDTM-Demographics (DM) Automation with SAS

Automatisation de la création de tables SDTM DM & SUPPDM (CDISC) via une approche pilotée par métadonnées (SAS OnDemand). 

<span class="badge">SAS OnDemand 9.4</span>
<span class="badge">SDTM IG 3.4</span>
<span class="badge">DM + SUPPDM</span>
<span class="badge">Metadata-driven</span>

Overview

Goal — Construire SDTM DM (1 enregistrement / sujet) et SUPPDM (qualificateurs non standards) depuis des tables sources, en : 1) créant des coquilles vides depuis un CSV de métadonnées,
2) mappant et dérivant les variables SDTM,
3) appliquant formats / tri et export vers la lib TARGET.

Outputs — TARGET.DM et TARGET.SUPPDM conformes SDTM, validés par PROC CONTENTS et contrôles structurels.

Note

Idée-clé : metadata → EMPTY_DM → mapping/derivations → sort/order → TARGET.

Inputs

  • Metadata CSV — SDTM_METADATA1.csv (variables, types, longueurs, labels, rôles, clés).
  • Données sources (libref SOURCE)
    • SOURCE.DEMOGRAPHIC (ex. subject, dob, gender, trt, uniqueid)
    • SOURCE.DOSING (ex. subject, startdt, enddt)
  • Formats (libref LIB)
    • sex_demographic_gender., race_demographic_race., armcd_demographic_trt., $arm_demographic_trt.
  • Cible (libref TARGET) — contiendra DM et SUPPDM
  • Macros — %make_empty_dataset et %make_sort_order (inclues via common.sas)

SAS OnDemand : définir libname source, libname lib, libname target dans appendix/common.sas.
Exécuter %include en tête de job.

1) Library Setup

Afficher/Masquer le code

```sas /* Common paths & librefs / %include “/home/uXXXXXX/CDISC/appendix/common.sas”; / Attendu dans common.sas : libname source “/home/uXXXXXX/CDISC/data”; libname lib “/home/uXXXXXX/CDISC/formats”; libname target “/home/uXXXXXX/CDISC/sdtm”; */ options fmtsearch=(lib work);